Hoy cuando intenté actualizar el sistema en un servidor con CentOS 7, me apareció el siguiente error:

error: db5 error(-30973) from dbenv->open: BDB0087 DB_RUNRECOVERY: Fatal error, run database recovery

error: cannot open Packages index using db5 - (-30973)

error: cannot open Packages database in /var/lib/rpm

Error: Error: rpmdb open failed

Gracias a esta pagina que encontré lo solucioné de la siguiente manera:

/usr/lib/rpm/rpmdb_stat -CA

cd /var/lib

Guardar una copia de la base de datos, por si a caso:

tar zcvf /var/preserve/rpmdb-`date +"%d%m%Y"`.tar.gz rpm

cd /var/lib/rpm

borrar la base de datos en uso (de la que tenemos una copia):

rm -f __db*

controlar que el archivo Packages no esté dañado:

/usr/lib/rpm/rpmdb_verify Packages

renombrar:

mv Packages Packages.orig

sacar una copia del archivo renombrado para crear un nuevo archivo que contenga los paquetes instalados:

/usr/lib/rpm/rpmdb_dump Packages.orig | /usr/lib/rpm/rpmdb_load Packages

controlar que todo esté bien:

/usr/lib/rpm/rpmdb_verify Packages

rpm -qa 1> /dev/null

rpm -v --rebuilddb

yum clean all

y terminar actualizando los paquetes.

yum update

A mi me ha funcionado sin problemas.